随着现代科学对生命现象由浅入深并到本质的认识，现代研究将生态学划分为三个层次的分支学科，即宏观生态学（macroecology)、微生态学(micmecology)和分子生态学(molecular ecology)。微生态学这一名词，首先由德国微生物学家Verboz Rusch博士从正常微生物生态规律出发于1977年提出，并在德国赫尔本建立了国际上第一个微生态学研究所。

我国微生态学创始人之一康白教授指出:人体或生物体对外必须适应大环境，对内必须适应其体内的微观环境，亦即必须适应正常微生物群(normal microbiota)、营养、免疫等微观环境，这就是微生态学(microecology)研究范围。适应是相互适应，是人体或生物体与环境相互依赖、相互制约的动态的生态平衡与生态失调的微生态现象。研究这些现象及其内存规律就是微生态学的核心。熊德鑫教授也指出，微生态学就是保护人体微生态环境及保护人类自身健康的重要科学。