皮肤表面普遍存在表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis），有时有金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。葡萄球菌在脸部与手部皮肤较多见。鼻翼、腋窝及腹股沟等处皮肤较潮湿，还可有大肠埃希菌（Escherichia coli）等革兰氏阴性杆菌。皮脂多的部位常见丙酸杆菌（Propionibacterium）。外阴部与肛门周围皮肤可找到耻垢分枝杆菌（Mycobacterium smegmatis）。皮肤受损时，这些正常菌群可趁机侵入引起化脓性感染。主要有金黄色葡萄球菌引起的疖、浓疱疮、汗腺炎等；表皮葡萄球菌可以在痤疮内找到，同时还可以发现痤疮丙酸杆菌。外耳道的正常菌群以肺炎链球菌（Sptreptococcus pneumoniae）和铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）较多，中耳和内耳一般无菌。

眼结膜上菌群甚少，因泪液中有溶菌酶存在。有时可有葡萄球菌、甲型链球菌（Sptreptococcusi）、流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae）等。