任何动物都是通过固有和获得性免疫这两套免疫系统来抵御病原菌入侵的。固有免疫系统的作用是非特异性的,而获得性免疫则是对特定病原体产生特异性抗体发挥特异性免疫作用的。

很多临床和基础研究均清楚地证实,共生微生物群落在人体免疫系统的发育过程中发挥着中流砥柱的作用。用共生微生物菌株对无菌动物进行刺激后,试验动物黏膜、胃肠道、呼吸道和泌尿生殖道的免疫系统活性才能被激活,并开始发挥防御功能。

另外,微生物群落的存在可使巨噬细胞更加活跃,并能促进炎症前状态的出现,这有利于肿瘤坏死因子(TNF)和趋化因子MCP-1等炎症前细胞因子的产生。长期服用益生菌可使固有免疫系统在宿主需要防御时被快速激活,而当威胁不再时,其也可迅速失活。