人自出生之时起，甚至在被娩出的过程中，许多细菌、病毒和其他微生物就开始在人体内繁殖，并常年与人共生。在这个充满微生物的世界中，人们早已适应了环境中及体内这些微生物的存在，将人与微生物分离开来既不可能，也不可取。微生物群落遍布我们的皮肤、肠道和其他腔隙，根除这些与我们共生的微生物必将打破机体的平衡，并可能导致慢性腹泻、维生素缺乏、对食物产生不恰当的免疫耐受或发生机会性感染。

在人肠道中，诸多共生菌株形成了一个庞大而复杂的体系，尽管该体系因个体的不同存在着很大差异，但他们通常都由数百种不同菌株组成，多数菌株是专性厌氧菌(>99%)。厌氧菌在缺氧的环境中可大规模增殖，但专性厌氧菌在婴儿肠道内的氧被兼性厌氧菌消耗殆尽之前是不能任意增殖的，因此，专性厌氧菌的活性在某种程度上受到了兼性厌氧菌的制约。

免疫系统的发育离不开微生物

任何动物都是通过固有和获得性免疫这两套免疫系统来抵御病原菌入侵的。固有免疫系统的作用是非特异性的，而获得性免疫则是对特定病原体产生特异性抗体发挥特异性免疫作用的。

很多临床和基础研究均清楚地证实，共生微生物群落在人体免疫系统的发育过程中发挥着中流砥柱的作用。用共生微生物菌株对无菌动物进行刺激后，试验动物黏膜、胃肠道、呼吸道和泌尿生殖道的免疫系统活性才能被激活，并开始发挥防御功能。

另外，微生物群落的存在可使巨噬细胞更加活跃，并能促进炎症前状态的出现，这有利于肿瘤坏死因子(TNF)和趋化因子MCP-1等炎症前细胞因子的产生。长期服用益生菌可使固有免疫系统在宿主需要防御时被快速激活，而当威胁不再时，其也可迅速失活。