低聚异麦芽糖不仅具有防龋齿、双歧杆菌增殖因子(Bifidusfactor)等生理功能，而且具有一系列良好的理化性能，如甜味温和、耐酸热、低粘度、保湿性好、防止淀粉老化、低水分活度等，从而使其能广泛应用于保健品、饮料和食品中。概括起来,主要有以下几方面。

1、餐桌甜味剂：小包装低聚异麦芽糖可直接加入冷热饮料和咖啡中，做为家庭保健糖可以用粉状或液体直接加入饮品和食品中。

2、果汁：我国物产丰富，各类水果近几年供大于求，果汁生产发展迅速，低聚异麦芽糖甜味柔和，加到果汁中，保持鲜果汁原有的香甜味，是理想的保健饮料。

3、饮料：低聚异麦芽糖具有耐热性、耐酸性，适宜添加在各种饮料中，既保持饮料特有的风格，又具有一定的保健功能。

4、奶制品：液奶、酸奶、保健奶制品、奶粉和豆奶以及其它儿童老人保健品，添加适量低聚异麦芽糖，使婴儿、儿童和老年人长期食用后达到保健作用。

5、糕点：异麦芽低聚糖具有很好的保湿性和抑菌性，作为甜味剂添加在糕点或点心的甜馅心中，既能提供柔和的甜味，又能延长产品的货架寿命。

6、糖果：异麦芽低聚糖具有很好的耐热性，在熬糖湿度下保持稳定，因此利用异麦芽低聚糖制做糖果时，工艺上无特殊要求。而且异麦芽低聚糖果的外观好，口感好，同时起到防龋齿等保健作用。

7、动物保健品：用添加异麦芽低聚糖的饲料饲喂动物，可以通过改善其肠道内的微生态环境，改善其健康状况，在提高动物抗病能力的同时提高了饲料利用率和增重率。与通常使用的兽药类保健品相比，具有无残留、无污染、无毒副作用等好处。