微生态学的用途三：生理学监测

从生态学观点出发，正常微生物群是动、植物及人类个体重要的生理学组成部分。任何个体反映都可能在正常微生物群的定性、定量极定位方面表现出来。因此，正常微生物群、正常微生物群的代谢产物，以及正常微生物群与其宿主相互作用的反应，都可作为植物、动物及人类个体生理功能监测指标。

植物生理学检测

植物根瘤及叶瘤的共生关系，植物的菌根（mycorrhiza）、根际微生物生态系（rhizosphere microecosystem）和植物的附生微生物，甚至植物种子的内外正常微生物群。都是植物生理的主要组成部分。

如果植物生长发育条件有所改变，这个植物生态系就会发生改变，就会从生态平衡转为生态失调。例如在农药和化肥的应用中，这个生态究竟有何作用，这种变化有何意义，都是重要研究课题。

动物生理学监测

任何动物都与正常微生物群有关。无菌动物、无特异病原动物（specific pathogenic free）、悉生动物（gnotobiote）和普通动物（conventional）在生理学（营养、免疫、消化、吸收、胚胎等）都表现出彼此的差异。因此，对正常微生物群的检测，将是对其宿主的生理学特性监测的重要侧面和指标。

在抗生素等广泛应用的情况下，动物存在微生态失调是经常的。抗生素有时不但不能解决感染问题，反而增加了肉、蛋、奶等畜产品抗生素含量，并进而在人类消费者中蓄积，造成一个重大的公共卫生问题，在畜牧业生产中，因此，对正常微生物群的监测，可以作为家畜和家禽的生理性或健康型指标。

人类的医学监测和研究

现代医疗措施如诊断、质量和预防，无不对肌体产生这样或那样的影响。这种影响不论作用于人类或作用于微生物都将破坏微生态平衡。因此，除了对人体本身的生理性或病理性指标检测外，还必须监测各系统正常微生物群的指标，亦即现代医学监测应当包括这两个方面的内容，。在当前急需开展监测的有以下方面：

1、抗生素应用

2、外科手术

3、放射

4、各种药物

5、疾病

6、保健措施

7、中医中药

8、健康长寿

9、宇航员及极地人员健康监测

10、微生态工程的建立