正常微生物群（normal microbiota）是微生物与其宿主在共同的历史进化过程中形成的生态系（ecosystem）。这个生态系是由微生物与宏生物共同组成的生态系。

从这个定义出发，微生态学的定义，也可以认为是“研究正常微生物群的结构、功能以及与其宿主项关系的学科”。

正常微生物群，对其宿主，非但无害，而且有益，不仅有益，而且是必需的。

正常微生物群包括微植物区系（microflora），微动物区系（microfauna）与病毒区系（Viralflora）。总之，正常微生物群应包括生物宿主（人、动物、植物及微生物）体表与体内的一切微生物。对这些微生物的“菌际关系”，对这些微生物与其宿主的关系，以及这些微生物与其宿主构成的统一生态系统对外环境（生理的、化学的及生物的）的关系，都是微生态学研究的范畴。