微生态学是研究正常微生物群与其宿主(人、动物、植物)相互关系的生命科学分支,是细胞水平、分子水平的生态学。

1977年，联邦德国Volker Rush博士首先明确提出微生态学（microecology）这个词，并在德国的赫尔本建立起第一个微生态学研究所。该所的主要工作是关于活菌制剂（生理性细菌治疗），如大肠杆菌、双歧杆菌、乳杆菌等。总的来说就是研究生态疗法和生态调整。因为是从正常微生物的生态规律出发，因而自然就形成了一个微观生态的概念。1985年Volker Rush提出一个新的定义，“微生态学是细胞水平或分子水平的生态学。”这就是说，微生态学是生态学的微观层次。