肠内益生菌也称肠益菌，是指能存活于肠道的非致病性微生物，当进食时，对宿主的健康及生理功能有正面的效用。

现已有证据指出，益生菌对人类的肠胃道疾病是有特殊的功效，也有证据指出益生菌能改善因服用抗生素而产生的相关副作用，如肠胃炎、急性腹泻，也能改善乳糖不耐症的症状。最近完成的随机控制试验（RCT）指出益生菌也能有效改善因感染Clostridium difficile或幽门杆菌（Helicobacter pylori）而引起的炎症性肠病、肠躁症、非溃疡性消化不良以及结肠癌的功效。