1 偏食、暴饮暴食
过量摄入高蛋白质、高脂肪，食物纤维少，肉食为主的饮食习惯，造成微生态失调，有害菌增加，还经常引起便秘。暴饮暴食会使肠胃负担加重，搞坏肠胃，削弱肠道功能。

2 精神压力大，应激反应、过度疲劳
过多的精神刺激，过度疲劳，使细菌的平衡大乱，有益菌减少，微生态失调。

3 气候、温度
过分热、过分冷的环境下，人的肠内菌群将发生混乱，这与应激反应也有关系。

4 年龄增加
随着年龄增加，身体的所有生理机能逐渐下降。这会影响体内菌群的布局，使得有益菌减少，有害菌增加。

5 细菌污染
各种细菌在人群之间传播，从而引起菌群紊乱。

6 药物（抗生素）
在生病时服用抗生素等药物会破坏体内细菌的布局。这是因为抗生素杀死了形成正常菌群的细菌，使外来的通过菌得以常驻下来，降低了对感染的抵抗力。

7 疾病
研究表明，患肝硬化、慢性肾炎、癌的患者，肠内菌群也有有害菌占优势的特点。另外感冒、便秘、注射疫苗、接受放射治疗也导致有益菌减少，有害菌增加。