1．厌氧菌和需氧菌

在肠道内，有厌氧菌和需氧菌，厌氧菌是常住菌，而需氧菌和兼性厌氧菌则多为过路菌。前者占优势，但又依赖后者消耗氧气，保证其生态条件。肠道对外来微生物的阻抗力来源于肠菌群的厌氧菌部分。正常的动物肠道中的厌氧菌占绝对的优势（95%以上）。正常菌群中的厌氧菌水平高，定植能力就高，厌氧菌特别是双歧杆菌与乳杆菌是生理细菌，能产生各类有机酸如乳酸、醋酸等，可抑制许多致病菌与条件致病菌。

2．厌氧菌的作用

厌氧菌，特别是专性厌氧菌，在人畜及其它生境中占绝对优势。这些菌是生理性微生物，即大部分为原籍菌群。专性厌氧菌有强烈的生物拮抗作用。如果厌氧菌减少或受到干扰，宿主对外袭菌的抵抗力则下降，亦即厌氧菌对外袭菌的阻抗力下降。

3．肠道内的其他菌体

例如大肠杆菌、变形杆菌等都具有脱氨酶，由氨基酸产生氨，由胱氨酸与半胱氨酸产生硫化氢，由色氨酸产生靛基质。而且这些菌还具有脱羧酶，由氨基酸产生胺类；而双歧杆菌不仅没有这些方面的副作用，而且双歧杆菌的多少在一定程度上抑制了这些菌体的作用。

4．微生态失调

微生态失调是正常微生物群之间与正常微生物群与其宿主之间的微生态平衡，在环境的影响下，由生理性组合转变为病理性组合的状态。