菌合成代谢产物：维生素、细菌素、抗生素、色素、热源质、内毒素、外毒素、酶（包括少数侵袭性毒酶）；

大肠埃希菌合成VB6、VB12、VK（被抗生素杀灭会发生维生素缺乏症）；

唾液链球菌产生H2O2，拮抗白喉杆菌和脑炎奈瑟菌，抗御白喉和流行性脑脊髓膜炎；

细菌蛋白质分解产物：靛基质、HS、酚类、氨等；

人体机能降低、患病、抗菌药物、易位、数量与种类变化，导致内源性感染；肠道菌群病理变化；二重感染、菌群失调、机会感染[如伪膜性肠炎；肺炎等